红外碳硫分析仪的分析原理就是将检测的样品投入高频炉，在燃烧炉的高温下通过O2氧化，使检测样品中的碳和硫氧化为CO2、CO、SO2，其中所生成的氧化产物通过除尘和除水净化装置后被氧气载入到硫检测池测定硫。含有CO2、CO、SO2和O2的混合气体一并进入加热催化炉中，经过催化炉催化CO→CO2，SO2→SO3，这种混合气体经过除硫试剂管后，导入碳检测池测定碳，残余气体通过分析仪排放到室外。碳和硫检测器输出经前放，A/D转换送入微机系统进行数据处理，最终得出碳和硫的百分含量，达到分析效果。

不完全燃烧会导致碳元素以CO形式逸出，硫元素生成SO2不彻底从而导致检测值偏低30-50%。除了数据的可靠性会受到影响外，设备本身也同样会受到影响，残留样品会污染高频炉坩埚和除尘过滤器，不仅会降低燃烧效率，同时也会增加维护频率。

样品燃烧得越充分，释放出来的气体就会越完全，这样检测结果也会更精确，所以我们要有习惯看燃烧的样品是否完全正确燃烧。